Phạm Du ngầm sai người về kinh đút lót cho các quan lại trong triều, nói rằng Bỉnh Di tàn ác, giết hại người vô tội và kể lể tình oan, xin về kinh đợi tội. Cao Tông sai Trần Hinh triệu Phạm Du về kinh, lại triệu cả Bỉnh Di về triều. Phạm Du về kinh trước hầu Cao Tông, được vua tin theo; Bỉnh Di đến kinh sau, vào triều phụng mệnh. Cao Tông sai bắt Bỉnh Di và con là Phụ.

Tướng của Bỉnh Di là Quách Bốc nghe tin đó, đem binh lính phá cửa Đại Thanh kéo vào nội điện để cứu chủ. Du cùng em là bọn Phạm Kinh giết Bỉnh Di và con Bỉnh Di là Phụ rồi cùng Cao Tông chạy trốn. Quách Bốc liền tôn hoàng tử nhỏ là Thầm lên làm vua. Cao Tông chạy về Tam Nông (Phú Thọ) nương nhờ nhà Hà Vạn, một thủ lĩnh miền thiểu số có thế lực.

Thái tử Sảm cùng mẹ là Nguyên phi Đàm thị và hai em gái chạy về Hải Ấp, Thái Bình, được thủ lĩnh địa phương là Trần Lý và Tô Trung Từ lập làm vua, tôn xưng là Thắng Vương[5]. Thấy con gái của Trần Lý là Trần Thị Dung có nhan sắc, Lý Sảm bèn lấy làm vợ, nhân đó Trần Lý được phong làm Minh Tự, Tô Trung Từ làm Điện tiền Chỉ huy sứ.

Biết tin Thái tử Sảm lập triều đình riêng và tự ý phong tước cho Trần Lý, Tô Trung Từ,... nên vua Lý Cao Tông ở Quy Hóa muốn đánh dẹp, bèn sai Phạm Du đi để liên lạc với Đoàn Thượng. Nhưng Du lại ham sắc, tư thông với công chúa Thiên Cực, nên lỡ hẹn với Thượng. Khi thuyền của Thượng đến đón không gặp Du bèn trở về. Khi Du lên thuyền khác đi gặp họ Đoàn, tới Ma Lãng thì bị quân của hào trưởng Bắc Giang là Nguyễn Nậu và Nguyễn Nải đón bắt và giết chết.

Trần Lý và Tô Trung Từ bèn mang quân đánh về kinh thành dẹp Quách Bốc. Trần Lý tử trận, Tô Trung Từ đón vua Cao Tông về cung.

Cao Tông chết, Thái tử Sảm lên ngôi tức là Lý Huệ Tông. Tô Trung Từ trở thành quyền thần trong triều. Sau một loạt biến cố, năm 1211, nhiều đại thần nhà Lý và cả Trung Từ bị giết. Cháu gọi Trung Từ bằng cậu là Trần Tự Khánh ở Hải Ấp lại mang quân về kinh, an táng Trung Từ.

Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi nhân đó nói với vua Huệ Tông rằng:

Huệ Tông tin theo, nổi giận, bèn hạ chiếu cho các đạo binh đánh Trần Tự Khánh và giáng Nguyên phi Trần Thị Dung xuống làm Ngự nữ. Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi đem binh về kinh sư. Huệ Tông hạ chiếu tấn phong tước hầu cho Đoàn Thượng.

Đoàn Thượng đem quân đánh anh em họ Trần ở ải Hoàng Điểm. Trần Tự Khánh sai bộ tướng Lại Linh cùng tướng Khoái Châu là Nguyễn Đường ra chống cự. Nguyễn Đường bị bắt. Tự Khánh bị thua, giận dữ phá đê cho nước sông chảy tràn vào các ấp rồi về. Miền Khoái Châu mất tin tưởng ở họ Trần, theo về với họ Đoàn.

Tuy nhiên, Trần Tự Khánh là một tướng tài. Sau đó Tự Khánh hai lần đánh bại quân họ Đoàn của Đoàn Ma Lôi, đóng ở Đội Sơn (Duy Tiên, Hà Nam). Họ Trần kiểm soát được cả miền Lý Nhân (Hà Nam). Trần Tự Khánh tìm cách liên kết với hào trưởng Nguyễn Tự để đối địch với Đoàn Thượng.

Năm 1213, Đoàn Thượng phối hợp với quân triều đình đụng độ với Trần Tự Khánh. Tuy nhiên, lực lượng họ Trần mạnh hơn, có nhiều tướng giỏi hơn; trong khi đó quân nhà Lý do vua Huệ Tông và Thái sư Đàm Dĩ Mông không có tài làm tướng chỉ huy nên nhanh chóng bị thua trận. Cánh quân Đoàn Thượng cử đi do Đoàn Cấm và Vũ Hốt chỉ huy bị bộ tướng của Tự Khánh là Nguyễn Nộn đánh bại. Lý Huệ Tông bỏ chạy lên Lạng châu, quân họ Đoàn rút khỏi kinh đô trở về vùng Hồng.